Im Rahmen des go-Inno-Programms kann in der ersten Leistungsstufe ein Innovationsaudit durchgeführt werden. Doch für den Anwender stellen sich in diesem Zusammenhang einige wichtige Fragen:

• was ist ein Innovationsaudit,
• welchen Nutzen bringt es,
• welche Anforderungen muss es erfüllen,
• welche Formen gibt es und wie werden diese Audits durchgeführt?

Ein Innovationsaudit sollte immer eine möglichst umfassende und systematische Analyse aller Faktoren rund um das Innovationsmanagement sein. Das Ziel eines solchen Audits ist nicht nur die Aufnahme eines Status quo sondern vor allem das Aufzeigen von Verbesserungsmöglichkeiten. Besonders gut eignen sich Innovationsaudits für kleine und mittelständische Unternehmen, da hier der gesamte Umgang mit Innovationen erfasst werden kann. Großunternehmen unterliegen meist einer weitergehenden Gliederung, so dass ein Innovationsaudit in Unternehmen dieser Größe immer nur Teile des Gesamtunternehmens betrachten kann.

Das Innovationsaudit hilft dabei, das eigene Verhalten und den Umgang mit Innovationen besser zu verstehen, in den Gesamtzusammenhang betrieblicher Prozesse einzuordnen, konkrete Potential zur Verbesserung zu erkennen und darauf aufbauend spezifische Maßnahmen zur Optimierung zu entwickeln.

Ein Innovationsaudit muss immer für den speziellen Nutzer passen und seine spezifischen Anforderungen erfüllen. Und die unterscheiden sich zwischen den einzelnen Unternehmensgrößen, Branchen und Zielstellungen, welche mit einem Audit verbunden sind. Es lassen sich jedoch einige allgemeingültige Anforderungen feststellen, die auf alle Audits im Innovationsumfeld Anwendung finden sollten:

• vertretbares Kosten-Nutzen-Verhältnis,
• notwendige Daten müssen verfügbar sein (in hoher Qualität und möglichst effizient),
• die Auditoren müssen sich ihre Unabhängigkeit bewahren und kritisch arbeiten,
• Auditoren und beteiligte Mitarbeiter aus der Organisation sind entsprechend qualifiziert,
• laufende und offene Kommunikation zwischen Unternehmensleitung und Auditor,
• die Unternehmensleitung muss das Audit unterstützen,
• das Audit selbst muss individuell anpassbar sein,
• es findet eine Qualitäts- und Ergebnissicherung, einschließlich einer laufenden Dokumentation,  statt.

Für das Innovationsaudit selbst gibt es drei verschiedene Formen.

Zunächst ist hier ist das Selbstaudit zu nennen. Es wird von sachkundigen und qualifizierten Mitarbeitern der Organisation selbständig durchgeführt, ohne das dabei eine Hilfestellung durch eine externe Stelle erfolgt. Nichtsdestotrotz können für die Durchführung des Audits Materialien und Hilfsmittel externer Anbieter eingekauft werden. Das Selbstaudit kann meist mit einem geringen finanziellen und zeitlichen Rahmen durchgeführt werden. Allerdings ist die Vergleichbarkeit mit anderen Unternehmen gleicher Größe oder aus der gleichen Branche nicht unbedingt gegeben. Eigene Mitarbeiter verfügen nicht in allen Fällen über den notwendigen Abstand um die Ergebnisse neutral zu beurteilen, eine Standardisierung ist ebenfalls schwer möglich und eine Bewertung oder Zertifizierung der Innovationsfähigkeit hat deshalb nur geringe Aussagekraft.

Das geführte Audit wird meist von Beratungsunternehmen, Instituten und Lehrstühlen an Hochschulen oder aber auch von Banken und Handelskammern angeboten. Der externe Anbieter konzipiert und plant das Audit um es anschließend durchzuführen und sich um die Nachbereitung zu kümmern. Ein derartiges Audit ist meist durch den Durchführenden anpassbar und kann so an die individuellen Umstände des Unternehmens angepasst werden; allerdings kann es dadurch auch zu einer extremen Anpassung kommen, so dass eine Vergleichbarkeit mit anderen Daten nicht in jedem Fall gewährleistet werden kann. Zu den Vorteilen eines geführten Audits gehört die Neutralität des Auditors und der dadurch hohe Aussagewert der Ergebnisse, somit kann auch eine Bewertung oder Zertifizierung der Innovationsfähigkeit erfolgen. Geführte Audits sind allerdings für das Unternehmen relativ zeit- und kostenintensiv. Diesem Fakt kann mit der Nutzung des go-Inno-Programms entgegengewirkt werden, denn hier wird ein Teil des entstehenden Aufwandes gefördert.

Neben dem Selbstaudit und dem geführten Audit gibt es auch noch die Mischform aus beiden Varianten.

Bekannte Innovationsaudits sind unter anderem IMP³rove (entwickelt als EU-Projekt) und INNOPLEX (komplexe Betrachtung der Störfaktoren). Innovationsaudits werden auch mit regionalem Bezug angeboten, so zum Beispiel das Hamburger Innovationsaudit der dortigen Handelskammer oder das Audit der Universität von Hannover im Rahmen von unitransfer.